慈済は、愛と慈悲を人々に施す慈済精神を持った若者を育成するため、幼稚園から大学院までの一貫教育を行っています。１９８６年に慈済花蓮病院が開院したのをきっかけに、愛の心を持った優秀な医療スタッフを育成するため１９８９年、花蓮市に慈済看護学校が設立されました。同地に看護学校をつくったのには、仕事の場が少ない東部の少女たちに就職の機会を与え、同時に看護スタッフの土地流動率を減らし、慈済精神を持った人材を育み、全国の病院に入っていって愛の心を広めてほしい、という目的がありました。

続いて同じく慈済精神を持った良医を育成するために慈済医科大学が設立されました。慈済看護学校は後に慈済短期大学に、慈済医科大学は総合大学となって慈済大学に改名されました。さらに幼稚園、小中高校が設立されました。

慈済は解剖研修のための献体を呼びかけています。献体されたご遺体は「遺体先生」とお呼びして丁重に扱い、解剖研修の始まりには「遺体先生に感謝するセレモニー」を、解剖研修の終わりには「遺体先生を偲ぶセレモニー」を行って、遺体先生と遺族の方々に感謝します。

慈済大学は２０００年、「献体されたご遺体で臨床教学訓練を行う」構想を證厳上人に提議しました。２００２年５月、花蓮慈済医学センター外科チームの協力のもと、卒業を控えた慈済大学医学部第二期生を教学対象に、基礎臨床技能及び手術教学訓練を行いました。現在では、医学部７年生のインターンを対象に基礎臨床技能訓練を行うほか、医師による治療研究のための模擬手術訓練を行っています。海外の姉妹校も人体模擬手術教学に参加しており、慈済大学と姉妹校が交流する機会になっています。２００３年には８台の手術台を備えた模擬手術室が設けられました。また、近年における低侵襲手術の発展に伴ない、「模擬医学センター」が２００８年にオープンしました。

科学が発達した現代、医学や科学技術を学ぶ学生たちは、技術だけではなく人の心も分かる細やかな心も兼ね備えていなければならない、という證厳上人の考え方に従って、生け花や茶道、書道など充実したカリキュラムにそった情操教育を行っています。

また、親身に学生の世話をする慈済ボランティアによる学生指導制度も設け、科目の勉強だけでなく精神面からも学生をサポートしています。慈済は幼稚園から大学・大学院までの一貫教育によって、この世に生身の「菩薩」が多く生れることを願っています。また、社会教育センターを設立して終生学習を呼びかけるほか、マレーシア、米国、カナダ、オーストラリアでは慈済人文学校（海外の台湾人子弟に中国語や静思語を教えるクラス）を開校しています。

このような慈済精神に基づく教育に共鳴する教師たちによって、慈済教師会というグループも結成されました。所属するメンバーは定期的に勉強会や研修を催し、證厳上人のお言葉である「静思語」を子供たちの教育に取り入れるなどしています。