為解決東部地區醫護人員不足、清寒學子無力就學等問題，本會於民國78年創辦教育志業，培育護理人員及醫師；提供獎助學金，協助東部子弟就學，協助就業。
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慈濟教育志業共設立四所學校，分別是：慈濟大學、慈濟科技大學、慈濟大學附屬高級中學、臺南市私立慈濟高級中學，總計學生10,229人、教職員工1,414人，教職員生合計11,643人。其中，慈大同時設置幼兒園、國小部、國中部、高中部、大學部、研究所碩、博士班。
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興學多年，辦學艱困，本會與教育志業克服困難，禮聘優良教師，獎助清寒學子就學、協助就業，一併解決東部原鄉、偏鄉之教育困境，從根本著手，改善家庭環境。27年來，慈濟大學、慈濟科技大學培育1萬8,697位畢業生，服務社會。醫師793人、護理師5,453人。105學年度全校學籍3,064人，宜花東學生人數為1,413人，目前在校學生戶籍地落在東部地區(宜花東)的學生比例為46.12%。
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105年慈善與教育結合，致力於設立優質教育環境、設置國際級醫學模擬中心、提供多元服務學習、提供學術獎助計畫及推動產學合，辦學成果豐碩：
（一） 105年「臺灣最佳大學排行榜」：慈濟大學全國第十九名東部第一。
（二） 後中醫高考：百分之百通過率。
（三） 物理治療、醫事檢驗國考雙榜首。
（四） 任職花蓮慈院主治醫師及住院醫師，其中42%為慈濟大學醫學系畢業生。